A área de Pesquisa da FUGAST tem como objetivo identificar a natureza e a incidência das doenças digestivas mais importantes no Estado do Rio Grande do Sul, com a intenção primordial de erradicar suas causas, através da prevenção e fixação de normas de tratamento que assegurem a mais pronta recuperação do paciente.

Num espectro mais amplo, a FUGAST tem convênios de cooperação em ensino, pesquisa e difusão de conhecimento junto a instituições internacionais e nacionais. Esses esforços científicos conjuntos objetivam, por exemplo, a identificação de fatores de risco para a progressão de lesões precoces e pré-cancerosas gastrointestinais, assim como uma série de outras patologias.