O maior compromisso institucional da FUGAST é o de prestar os melhores serviços em assistência médica, na área de sua especialidade, a gastroenterologia e endoscopia digestiva. Igualmente, dirige toda a sua atenção para a pesquisa e o ensino na busca de conhecimentos, recursos e técnicas que auxiliem na detecção precoce das patologias do aparelho digestório, aumentando as chances de cura e melhorando a qualidade de vida das pessoas.

Uma das principais preocupações da FUGAST tem sido com as camadas sociais mais carentes que, desprovidas de recursos próprios e à margem dos planos de saúde, vivem postergando, muitas vezes irremediavelmente, suas necessidades básicas de saúde.

Desde 1996, através de um convênio assinado com o Hospital Sanatório Partenon, instituição hospitalar da Secretaria da Saúde e do Meio Ambiente do Rio Grande do Sul, a FUGAST mantém uma unidade de endoscopia digestiva
	para atendimento totalmente gratuito aos pacientes da rede do SUS – Sistema Único de Saúde oriundos da rede pública ambulatorial do Estado e do município de Porto Alegre, executando em média, 15 procedimentos diários de endoscopia digestiva alta e colonoscopia.